۳۲ تیم حاضر در لیگ دسته دو فصل 90-1389 در دو گروه 16 تیمی، تقسیم شدند. گروه 1 | گروه 2 | شهرداری لنگرود | پرسپولیس گناوه | شهرداری زنجان | استقلال جنوب تهران | ذوب آهن اردبیل | شهرداری همدان | مقاومت تهران | نفت و گاز گچساران | گل نود قائمشهر | شاهین اهواز | سایپا شمال | فولاد نوین اهواز | ماشینسازی تبریز | هیئت چهارمحال و بختیاری | شموشک نوشهر | بهزیستی همدان | گاز سرخس | ذوب آهن نوین اصفهان | نوژن مازندران | صنعت نفت نوین آبادان | استقلال قزوین | کوثر لرستان | پالایش گاز فجر جم بوشهر | نفت امیدیه | هما تهران | نیروی زمینی تهران | چوکا تالش | پرسپولیس برازجان | داماش تهران | گلچین رباط کریم | شهرداری انزلی | آریانا گستر کیش | نحوهی برگزاری: 32 تیم حاضر، به صورت دورهای و رفت و برگشت به مصاف هم میروند. در پایان، تیمهای اوّل و دوم هر گروه (جمعاً 4 تیم) به لیگ دسته یک فصل 91-1390 صعود میکنند. تیمهای 13، 14، 15، 16 هر گروه (جمعاً 8 تیم) به لیگ دسته سه فصل 91-1390 سقوط میکنند. تیم دوازدهم گروه 1 لیگ دسته دو با تیم سوم گروه 1 مرحلهی دوم لیگ دسته سه و تیم دوازدهم گروه 2 لیگ دسته دو با تیم سوم گروه 2 مرحلهی دوم لیگ دسته سه، جهت تعیین دو تیم سقوط کنندهی دیگریک دیدار رفت و برگشت انجام میدهند. دو تیم برنده جواز حضور در لیگ دسته دو فصل 91-1390 را کسب میکنند و بازندهها میبایست فصل بعد را در لیگ دسته سه بازی کنند. مرحلهی دوم مسابقات، با حضور 4 تیم صعودکننده، برای تعیین مقامهای اول تا چهارم، برگزار میشود: ردهبندی: تیم دوم گروه 1 - تیم دوم گروه 2 فینال: تیم اول گروه 1 - تیم اول گروه 2 رقابتهای لیگ دسته دو فصل 91-1390 شامل 28 تیم است: 4 تیم سقوط کننده از لیگ دسته یک فصل 90-1389 + تیمهای سوم تا یازدهم هر گروه (جمعاً 18 تیم) + 4 تیم صعودکننده از لیگ دسته سه فصل 90-1389 + دو تیم برندهی پلیآف |